艦娘と深海棲艦の戦いも、集結への道へ進み始める。 そこで、深海棲艦最深部の基地へ強襲を掛け、深海棲艦主力との大規模な交戦、両方に大勢の負傷者が出るも、艦娘側の勝利で深海の総司令官の確保に成功し、終戦の講和文書を交わす。 艦娘側提督は、この戦闘の流れ弾により死亡し、本営からの通達で「次世代の艦娘との、世代交代が完了するまで」の契約で今の鎮守府で提督として着任 初めのうちは、深海棲艦側の、と言うことで、敵意や殺意丸出しの艦娘だったが、これからしばらくの合間世話になるため、と提督は積極的に艦娘にコミュニケーションを取る そんな中、深海棲艦の残党が、「反終戦組」と称し、レ級を筆頭とする姫・鬼級を多く含み、空母等、航空戦力を主力とした、新深海棲艦との交戦に入る 元深海提督は、今までの経験から、弱点を艦娘に教え、２度目の深海棲艦との主力は優勢に ……と思えたのもつかの間、MI攻略戦にて一航戦二航戦を失い、退却 敗北への道へ歩み出す。 が、それから数日後、ドイツやイタリアから艦娘が送られてくる 人類の制海権を取り戻すためならいくらでも協力すると そしてそのまた数日後、遠征にでかけたコ達が日本の首都から東側の離れた海で、大きな爆発と閃光を視認。 七つの核が落とされ、その近くの無人島に、核で抉られた跡が残る すぐに遠征を中止し、元深海提督にその事を報告 そこで提督が、終戦前に核開発をしていた事を告げる 「アイツらの工業力からみて、まだ試験段階だろう。だが、アイツらが私が思案していた核をそのまま作るのなら世界は終わる」 それに次いで告げられる、思案の段階での威力はツァーリボンバの2倍、200メガトンという事実 その事を本営に告げると、数週間と経たないうちにIowaがやってくる 日本側主力で組まれる第一艦隊と、海外艦で構成された第二艦隊で、最終決戦を仕掛ける １週間以上の長期の戦闘になりはしたが、なんとか制圧 ズタボロになったレ級に、吹雪がトドメを刺そうとするが、それより前に核の発射コードを入力し、カウントダウンが始まる レ級の側近であった、負傷した南方棲戦姫から解除コードを聞き出し、核発射を阻止。 それを知った第一、第二艦隊や、鎮守府の皆は、終結の歓喜に包まれる そんな中、提督は静かに瀕死状態のレ級の元へ行き、「辛かったよな」と声を掛けて、互いに刃を交え、心中をする