ある日、6歳の灰原哀は両親の教育がごく普通ではあるものの厳しいと感じて、その日から小学生になるのを機に家出して知人で風変わりな発明家の阿笠博士の家に居候しながら探偵を始めることにした。

その後は小学生とは思えない推理力で警察に協力して次々と難事件を解決し、小学生探偵として有名人になった。

それでも哀が親から受けたストレスは解消せず、これまでとは真逆の悪をも極めようとした。

哀は暴力団がいそうな夜の路地裏で当時犯罪組織のボスだったジンを見つけ、あらかじめ阿笠から教わった技術で作った拳銃で戦いを申し込んだ。

哀「勝ったら私の言うこと聞いてもらうわよ」

ジン「ガキのくせに調子に乗るな」

ﾊﾟﾝ!ﾊﾟﾝ!

哀が撃った弾は見事にジンの腕に命中した。ジンは反撃するも射撃技術まで一流の哀は多少の怪我は負いながらもジンに勝利した。

哀「勝ったから約束通り言うこと聞きなさい」

ジン「ﾊｧﾊｧ...な、なんだよ...」

哀「私にあなたたちの組織のボスをやらせてちょうだい」

ジン「確かに射撃技術はあるようだが所詮小学生だろ...何がしたいんだ...」

哀「私が世界一の犯罪組織にしてあげる。約束するわ」

その言葉通り哀がボスになった組織はすぐに強大な力を持ち、やがてFBIが表の顔は探偵である哀がボスと突き止め、その事を日本警察や哀の両親、阿笠博士に伝えた。

しかし難事件の解決には探偵としての哀がどうしても必要で逮捕に至らなかった。哀もこれを予測していたのだ。

やがて哀に彼氏ができた。彼氏の名は江戸川コナン。コナンは哀の裏の顔も知っており、哀同様高い推理力で探偵の手伝いをした。哀にとっては絶対に守らなければならない最高の相棒である。

哀「あなたのことは私が生きてる限り全力で守るからあなたが撃たれることはないわ。だから安心して私についてきて」

哀はいつものように男勝りな発言をする。

コナン「オレの活躍なしかよ、ひでー彼女だな」

と言いながらもコナンには誰が見てもかっこいい哀の姿が美しく見え、一生ついていこうと誓った。

哀は自らの射撃技術に自信を持っており、コナンとともに敵対組織との抗争に巻き込まれてもコナンを傷つけない自信があるため、少しでも長い時間一緒にいようと2人で登下校していた。

実際にコナンを銃弾から守ったりFBIや組織内の裏切り者との戦闘で勝利し続けたが、その際に大怪我を負い少しずつ確実に哀の体力を奪っていった。

雪の降るある日、下校中にまたもコナンとともに敵対組織との抗争に巻き込まれ、大男5人対哀でなおかつコナンを体を張って守るという極めて不利な状況に陥った。

ジンや組織の仲間に助けを求めることもできたが、プライドの高い哀はそれをせず体のあちこちを撃たれ血まみれになりながら戦った。

ﾊﾟﾝ!

ついに哀は腹を撃たれコナンに倒れかかった。敵は哀の死を確信し立ち去っていった。

コナン「おい灰原死ぬな！」

哀「ﾊｧﾊｧ....ずっと一緒にいられなくてごめんなさい...」

コナン「しゃべるな！救急車呼んだからな！」

哀「ﾊｧ...もう無理よ...でも私のやり方を貫けて幸せだったわ...」

コナン「灰原...そんな...」

哀「いつまでも元気でね...江戸川君...」

ﾊﾞﾀﾝ

哀は力なく倒れこの世を去った。コナンが撃たれることはないという約束を果たしながら...

－その後－

哀の組織はボスがジンに戻ったが、哀のやり方を真似て世界一の犯罪組織として君臨し続けた。

探偵業はコナンと阿笠が力を合わせて引き継ぎこちらも名探偵灰原哀の名を継ぐにふさわしい功績を残し続けた。

コナン「(オメーと同じレベルで働くのは大変だけど楽しいぜ、だから余計な心配はせずに天国で楽にしてろよ、灰原...)」

END