ある日、6歳の灰原哀は両親の教育がごく普通ではあるものの厳しいと感じて、その日から小学生になるのを機に家出して知人で風変わりな発明家の阿笠博士の家に居候しながら探偵を始めることにした。

その後は小学生とは思えない推理力で警察に協力して次々と難事件を解決し、小学生探偵として有名人になった。

それでも哀が親から受けたストレスは解消せず、これまでとは真逆の悪をも極めようとした。

哀は暴力団がいそうな夜の路地裏で当時犯罪組織のボスだったジンを見つけ、あらかじめ阿笠から教わった技術で作った拳銃で戦いを申し込んだ。

哀「勝ったら私の言うこと聞いてもらうわよ」

ジン「ガキのくせに調子に乗るな」

ﾊﾟﾝ!ﾊﾟﾝ!

哀が撃った弾は見事にジンの腕に命中した。ジンは反撃するも射撃技術まで一流の哀は多少の怪我は負いながらもジンに勝利した。

哀「勝ったから約束通り言うこと聞きなさい 」

ジン「ﾊｧﾊｧ...な、なんだよ...」

哀「私にあなたたちの組織のボスをやらせてちょうだい」

ジン「確かに射撃技術はあるようだが所詮小学生だろ...何がしたいんだ...」

哀「私が世界一の犯罪組織にしてあげる。約束するわ」

その言葉通り哀がボスになった組織はすぐに強大な力を持ち、やがてFBIが表の顔は探偵である哀がボスと突き止め、その事を日本警察や哀の両親、阿笠博士に伝えた。

しかし難事件の解決には探偵としての哀がどうしても必要で逮捕に至らなかった。哀もこれを予測していたのだ。

やがて哀に彼氏ができた。彼氏の名は江戸川コナン。コナンは哀の裏の顔も知っており、哀同様高い推理力で探偵の手伝いをした。哀にとっては絶対に守らなければならない最高の相棒である。

哀「あなたのことは私が生きてる限り全力で守るからあなたが撃たれることはないわ。だから安心して私についてきて」

哀はいつものように男勝りな発言をする。

コナン「オレの活躍なしかよ、ひでー彼女だな」

と言いながらもコナンには誰が見てもかっこいい哀の姿が美しく見え、一生ついていこうと誓った。

哀は自らの射撃技術に自信を持っており、コナンとともに敵対組織との抗争に巻き込まれてもコナンを傷つけない自信があるため、少しでも長い時間一緒にいようと2人で登下校していた。

実際にコナンを銃弾から守ったりFBIや組織内の裏切り者との戦闘で勝利し続けたが、その際に大怪我を負い少しずつ確実に哀の体力を奪っていった。

コナンにとっても連日傷だらけで帰ってくる哀を見るのが苦痛になりつつあった。

そんなある日、哀が買い物に行っている間に阿笠邸に哀の両親と阿笠が集められ、FBIによる「作戦」の説明を受けていた。

FBIジョディ捜査官「ついに組織の本拠地がわかったわ。そこへ明日インターポールの協力も得て突撃することが決まった。その時に哀ちゃんには逮捕はしない約束だけど事情聴取だけでもしないといけないから拘束する時に抵抗されたら怪我をさせることになるかもしれないけどいいかしら？」

ジョディはまだ小学生の哀のことを思い申し訳なさそうに聞いた。

阿笠「そうなるのも哀君の責任じゃがここ最近哀君が怪我をして帰ってきても痛くないフリをしているのを見ていて哀君の体がとても心配なんじゃよ...」

その会話を阿笠邸にいたコナンも聞いていた。

コナン「それならオレに灰原を撃たせてください」

一同「えっ！？」

コナン「もうあいつの体はボロボロだし次にオレが灰原の脚とか撃てば車椅子生活になって組織のボスとか危ない真似はできなくなるだろうからな」

阿笠「しかし君に拳銃など撃てるのかね！？」

コナン「灰原に万が一の時にって教わってたんだよ」

ジョディ「わかったわ。お願いできるかしら？そうすれば哀ちゃんを逮捕せず組織をやめさせることができるってわけね。きっと哀ちゃんも恋人に撃たれるなら痛みもマシじゃないかしら」

笑顔でそう言うジョディを見てコナンの顔は真っ赤になる。

翌日、作戦は実行に移された。組織の本拠地が攻撃されているというジンからの電話を受けて哀が駆けつけ、ジンらとともにFBIと戦ったが、FBIはジンをはじめとした幹部を次々と拘束し、痛む体に鞭うって裏口から逃げようとする哀と待ち伏せていたコナンの目があった。

哀「ﾊｧﾊｧ...え、江戸川君、どうしてここに...」

コナン「すまねぇ灰原...でも毎日傷だらけのオメーを見てるとオレより先に死んでほしくねえと思ったから...だから組織なんて危険なことはやめてくれ！」

哀「ﾊｧ...なるほどね...それなら早く撃ちなさい...」

コナン「すまねえ！灰原！」

ﾊﾟﾝ!

コナンの撃った弾は的確に哀の脚を貫いた。コナンはすぐに目をつぶり、哀はその場で倒れこんだ。

ジョディ「ナイスショットよ、救急車を呼んだから安心しなさい、コナン君、哀ちゃん」

－その後－

哀の組織はやがて末端構成員も逮捕され、静かに崩壊していった。

探偵業は車椅子生活になった哀の希望によりコナンと阿笠が引き継ぎ、時々哀の助言を借りながら名探偵灰原哀の名を継ぐにふさわしい功績を残し続けた。

コナン「ごめんな灰原、あの時は痛くなかったか？」

哀「何今頃謝ってるのよ、あなたが私を撃ったことで私の目を覚ましてくれたんじゃない。感謝してるわよ」

2人はいまの幸せを噛みしめ、この上なく強い絆で結ばれたのだった...

END