あらすじ

突如と現れた海の怪物は今まで人類が支配していた海を怪物によって支配されてしまった。各国の軍は海を奪還しようとしたが、現段階の軍事力では奴等には歯が立たなかった。政府は海の怪物を「深海棲艦」と命名した。そこに第2次世界大戦中に使われていた軍艦の魂が宿った少女達が現れ、深海棲艦と対抗した。日本政府は彼女達と協力した。人々は少女達を「艦娘」と呼んだ。しかし、戦いの中彼女達は、 精神的疲労などに陥っていた。そこで政府は、艦娘の疲労軽減の為一般兵士でも艦娘の様に海上を滑ることができ且つ深海棲艦に打撃を与えられるパワードスーツの開発に着目した。開発には成功したが艦娘の様な頑丈さは無く、深海棲艦の砲撃を喰らえば肉片が飛び散り、彼が居たと思われる海の上ではまさしく血の海になっていた。しかし彼等は海を取り戻す為、死を恐れずに艦娘達と共に戦った。そんな時、ある鎮守府の提督が海軍大本営に報告し、帰投途中に載っていた輸送機が深海棲艦によって迎撃され、その提督とパイロットは戦死となった。大本営は早くも海を取り戻す為、鎮守府に新しい提督の着任を急いだ。