【アムロ・レイ】

　地球連邦軍所属のMSパイロットであり、この物語の主人公。UC.0079の一年戦争では成り行きで“ガンダム”に乗り込むことになるが、超人的な戦果をあげ連邦軍を勝利に導く活躍をみせる。当時のジオン軍からは“連邦の白い悪魔”という異名で恐れられた。

また、同時期にNTとして覚醒していったこともあり“NT＝エースパイロット”というイメージを世に浸透させてしまった。

　一年戦争終結から7年後のUC.0087では連邦軍内部から危険分子として見なされ軟禁されていたが、ホワイトベースのクルーだったフラウや成長したカツらに檄を飛ばされ、再び戦うことを決意。軍の警備が甘くなっていた隙に脱出する。脱出後に一年戦争時の戦友だったハヤト・コバヤシが所属するカラバに合流し、グリプス戦役では主に地球で戦いエゥーゴをサポートした。

　一年戦争から13年。UC.0093では元ホワイトベース艦長のブライト・ノア率いるロンド・ベルのMS部隊隊長として配属され、第二次ネオ・ジオン抗争（シャアの反乱）では一年戦争時からのライバルであるシャア・アズナブルとの激闘を繰り広げる。この時に自身が基礎設計をしたνガンダムを予定を大幅に繰り上げて受領し、シャアとの最終決戦に臨む。アクシズでの戦いを制し、アクシズの破砕にも成功するが地球へのアクシズ落下は完全には阻止できなかった。

落下し続けるアクシズをνガンダムで押し返している最中、サイコフレームの共振による奇跡（後にアクシズショックと呼ばれる）を引き起こし地球を救う。「世界に人の心の光を見せなければならない。」とその場にいたシャアに言い放ち、共にサイコ・フレームの光に飲み込まれ行方不明となるが、時空を越えて横須賀鎮守府に流れ着く。

【シャア・アズナブル】

　ネオ・ジオン総帥にして、アムロ・レイの宿命のライバル。UC.0079の一年戦争では開戦直後から圧倒的な戦果をあげており、赤いMSで彗星の如く戦場を駆けることから“赤い彗星”の異名を持つ。ザビ家への復讐に燃えていたが、アムロ・レイやララァ・スンのNT能力を目の当たりにし、人類の進化の可能性として信じるようになる。

　UC.0087。一年戦争終結後に行方をくらませていたが、クワトロ・バジーナと名を変えてエゥーゴに参加している。グリプス戦役ではエゥーゴの中心となって他のメンバーを牽引し、その最中で自身がシャア・アズナブルであることを表明し連邦政府とティターンズの腐敗したあり方を世に知らしめた。グリプスⅡでの戦いでハマーン・カーンに追い詰められるが、戦艦の残骸を誘爆させることでハマーンの乗機であるキュベレイを撃退。自身は再び行方をくらませた。

　そして一年戦争から13年後のUC.0093。シャアは散り散りになっていたネオ・ジオン残党をまとめ上げ、新ネオ・ジオン軍として再編成。地球連邦政府に対して事実上の宣戦布告を行う。二度の隕石落としによる地球寒冷化作戦によって地球に“核の冬”をもたらすことで、地球人類の抹殺と宇宙への進出によるNTへの覚醒を促した。

しかし、ロンド・ベルの決死の作戦によって二度目の隕石落としに使用されたアクシズは破砕され、アムロとの決着をつけるために死闘を演じるも乗機であるサザビーも破壊される。脱出ポッドはνガンダムに捕獲され、アクシズの破片に押し込まれながらも作戦の成功を確信。νガンダムでアクシズを押し返さんとするアムロと、アクシズを止めるために散っていくパイロット達を見ながら「遅かれ早かれこのような悲しみが地球を押し潰す。故に人類は自分で自分を裁き、自然と地球に対して贖罪しなければならない。」と零す。最後は自らが悟った真実と自身の本当の望みを叫びながら、アムロと共にサイコ・フレームの光に消えていった。

【ララァ・スン】

　元ジオン軍のNTパイロット。シャアに惹かれ、シャアと共にアムロの前に立ちはだかるが、NT能力を通じてアムロとも惹かれ合う。一年戦争の最中、シャアを庇ってアムロのビームサーベルを受けて戦死する。

13年の時を経て尚、アムロとシャアの心に消えない傷とともに居座り続け「意識が永遠に行き続けたら拷問」と言いながらも「永遠に二人の間に居たい」と願っている。“シャアが壊れてしまった”とアムロに伝えるが……？

【チェーン・アギ】

　ロンド・ベルの技術士官で、階級は准尉。アムロとは恋人関係であった。主にνガンダムの開発と整備を担当しており、アムロをはじめとしたラー・カイラムのクルーからの信頼も厚い。シャアとの最終決戦では「サイコ・フレームが多いほうがアムロに有利」と言って最低限の修理をしたリ・ガズィに搭乗し、最高の試料をアムロに届けるために出撃。その際にαアジールを撃墜するものの、逆上したハサウェイによって撃墜され戦死した。

　夕張の夢に現れ、アムロや仲間を守る術としてνガンダムをはじめとしたMSの整備技術と操縦方法を託した。

【ティファ・アディール】

　NTの少女。アムロとは違う世界線にいたが、世界の異変を感じ取り、NTの素養を持つ夕張に夢の中で接触してきた。世界を救うための力として、夕張にNT能力の一部とその使い方を託す。

【夕張】

　横須賀鎮守府に所属している艦娘であり、もうひとりの主人公。艦種は兵装実験軽巡であり、艦隊のエースに名を連ねる一人ではあるが機動力が低く被弾率は高め。

横須賀鎮守府に突如出現したνガンダムの第一発見者。戦闘中のνガンダムのコックピットにアムロと共に乗り込んだことがあり、そこでサイコ・フレームに触れたことがきっかけでNTとして覚醒していく。

　アムロと共に出撃した日の深夜にNTとしての感覚にパニックを起こし、アムロに助けを求めたが泣き疲れてそのまま同じ布団で朝を迎える。それからというもの、何となくアムロが気になる様子。

　夢の中でティファ・アディールとチェーン・アギに出会い、ティファからはNT能力の一部とその使い方を、チェーンからはνガンダムをはじめとしたMSの整備技術と操縦方法を伝えられた為、現状唯一νガンダムの整備を行うことができる人物。

　艦娘としての戦闘能力も高いが、兵装実験軽巡として工廠に出入りし日常的に実験や開発をしているため、メカニックとしての腕も一流。

【提督】

　横須賀鎮守府の提督。本名は小林勇人（こばやしはやと）。アムロの戦友であるハヤト・コバヤシとは瓜二つの別人。アムロとはお互いに呼び捨てで会話するなどフランクな関係を築いている。艦隊指揮だけでなく、掃除等の雑用や力仕事も艦娘達と一緒に行う事が多いため、横須賀所属の艦娘からは父親のように慕われている。

【明石】

　横須賀鎮守府に所属する艦娘。艦種は工作艦。日課は夕張と一緒に面白おかしく開発することと、提督と二人で行う那珂ちゃんの解体。νガンダムについては隅々まで時間をかけて調べ尽くし、何とかそれに近いものを造れないかと奮闘中（極秘プロジェクトにつき提督には未報告）。

【那珂ちゃん】

　艦隊のアイドル。日常的に解体されるなど、作中での扱いは基本的に雑。

那珂「いや紹介文まで雑なの！？」Σ(ﾟДﾟ)

【MS】

　一年戦争の際に旧ジオン軍が開発した人型兵器。読み方は“モビルスーツ”。一年戦争後期には連邦軍も開発に着手し、その中で生まれたのが“ガンダム”である。現在では軍用のものだけではなく、作業用のものや学生でも扱いやすいプチモビと呼ばれるものまでその種類は多岐にわたる。

【NT】

　読み方は“ニュータイプ”。人が宇宙で暮らすようになり、これまで脳で使われてこなかった部分が使われるようになったことで目覚める宇宙に適応進化した新人類だとジオン・ズム・ダイクンが主張及び予言した。しかし明確な定義は示されておらず、NTと呼ばれる人々も言葉ではうまく説明できない。直感や認識力に優れているが、アムロやシャアによってそれらが戦争という状況下で発揮されたことにより、一般的には“NT＝エースパイロット”という認識が浸透してしまっている。

　高いNT能力を持つものは、距離や時間を越えて人の意志や存在、感情を感じ合うことができるだけでなく未来予知のようなこともできる。NT同士であれば感応によってお互いをより深く理解し合えるが、戦争という非情な現実の前では理想論どころか世迷言とさえ言われている。

　また、ごく少数ではあるもののティファのように純粋なアースノイド（地球人）でありながら高いNT能力を持つ者も確認されている。

【艦娘】

　艤装と呼ばれる兵装を身に纏い、深海棲艦の脅威から人々を守っている。艤装は女性にしか適合せず、各鎮守府で“妖精”と呼ばれる存在によって建造される。まれに深海棲艦を撃沈した際に艤装の核を入手できることがあり、それを回収した後に妖精の手によって解析・復元することでしか手にすることができない艤装も存在する。